距离与维克特路基艾尔的决战已经过了一年，光（根岸拓哉饰）结束了一年的海外进修，回到了日本。此时，咲夜（小池里奈饰）和玛娜（最上もが饰）也一起加入了UPG，组成了新生UPG。然而，和平却没能一直持续下去，雫丘的上空突然出现了谜样的时空城，以及呼喊着“封印所有奥特曼”的超时空魔神艾塔鲁伽和女战士阿蕾娜（

特搜队“UPG”，地底居民维克特利人、切布尔星人艾克塞拉和他的手下智能机器人-10，并且银河斯特利姆形态都将登场。前作《银河奥特曼》的两年后的世界为舞台的本作，根据新的超常现象，为准备应对危机而新设立的特搜队——UPG（全称：Ultra Party Guardians）。守护者神秘的能量水晶体“维克