《特别使命》是一部描写高智商犯罪的电视剧，该剧有别于其他涉案剧。近年来电视银屏所播出的涉案剧都是以刑事案件为主，例如《重案六组》、《案发现场》等等；然而《特别使命》是围绕“税”这个社会焦点话题来描写的，这无疑是众多涉案影视作品中的一个新的亮点。

浙江御史宁中则为人耿直刚正不阿，深得坊间民众爱戴，却得罪官场同僚无数。浙江官场视宁中则为眼中钉肉中刺，恨不能将其置于死地而后快。这一天，宁中则从浙江起程，回京城省亲，半路上遭遇刺客袭击，不幸身亡。宁中则的死，惊动朝政，朝中督察院着铁飞花火速赶赴杭州，查案缉凶。 　　铁飞花抵达杭州案发现场，从现场勘察

故事梗概： 宦官汪江洋奉旨省亲，江湖各派闻风而动。汪江洋乃后宫总管孙值孙公公的亲信，平日里贪赃枉法恶贯满盈，九侯爷多次设计除之而后快，都碍于后宫势力而告失败。如今，汪江洋回家省亲，给了九侯爷一个铲除汪江洋的机会。督察院捕快铁飞花刚刚得九侯爷密令，暗中跟踪汪江洋中途株之，孙值传来谕旨，着铁飞花和锦衣卫

故事梗概： 九侯爷坐镇济南府，剿灭山东盐帮，山东总督宋擎天率属下设宴庆功，溜须拍马奉承至极。殊不知，盐帮虽剿，但盐帮首领于慎独和二当家马康却生不见人、死不见尸。京城里，女神捕铁飞花得飞鸽传书，知九侯爷在山东性命难保，遂策马扬鞭，星夜兼程赶到济南总督府。 铁飞花赶至总督府，时逢庆功宴酒酣歌欢兴致正浓。

　　故事梗概:　　督察院左督御史方谨遭宦官陷害，被皇上降旨以以权谋私的罪名赐死，悉数家眷押解回籍。方谨蒙冤后，铁飞花委托湖广总督董成一路护送方谨的遗孤方拓。从京城到陕西，一路上马蹄哒哒，杀机重重，董成不负铁飞花的重托，几次杀退欲置忠良遗孤于死地的刺客，护送方拓来至武掖。　　一路行刺方拓的刺客不是别人

明朝末年，江南一带干旱成灾，一时间饿殍遍野，百姓民不聊生。此时，曹化之贪污“两河工程款”一案，在京城和坊间引起巨大反响，百姓痛恨，皇宫震惊。皇上传出谕旨，责令京城都察院限期破案。皇宫里九侯爷暗中散布消息，说曹化之越狱逃跑。女捕快铁飞花立下军令状，纵然追到天涯海角，定将曹 化之缉拿归案。 铁飞花一路打

故事梗概： 督察院总捕头铁飞花接到师兄冷天衣差人送来的请柬，请铁飞花出席结婚大典。师兄喜结良缘，铁飞花欣然前往。从京师到河宁府，铁飞花扬鞭策马昼夜兼程，历时十余天赶到河宁府。还没来得及贺喜，有叫花子来报案说河宁府首富宁员外的千斤宁彩儿遭人杀害。河宁府知府盛莫言大人着即将拜堂成亲的冷天衣和铁飞花一同前

故事梗概： 月晦风高夜，国舅府发生命案，周国舅名丧蒙面杀手。国舅爷遇刺，朝廷震怒，后宫总管太监孙值传旨，着左督御史方谨限期破案。方谨把查案的任务交给铁飞花时，委婉转达孙公公对铁飞花与七彩门关系甚密的猜疑。国舅的死，能让孙公公怀疑到铁飞花身上，铁飞花自然不敢怠慢。 铁飞花请得尚方宝剑，带上柳儿直奔杭州

故事梗概： 顺通府知府大人祁少诚含冤被捕。执行命令的总捕头卢远鹤乃祁少诚结拜兄弟，奈何曹千岳曹大人有令，纵然兄弟情分，也不敢违抗。祁少诚平时为官清正，廉洁一方，口碑甚好。祁大人身陷囹圄后，有侠义之士不顾旅途劳顿，飞马传书，请京城督察院铁飞花出面，伸张正义，还以清白，铲除奸人。 祁少诚“事”出有因，皆

故事梗概： 江南寻花会诱骗妇女作恶多端，为官场和坊间所深恶痛绝。为铲除江南寻花会犯罪团伙，朝廷颁旨，由刑部侍郎张文台主持，苏州赵敬轩大人协助，着都察院派出铁飞花秘查此案限期破获。铁飞花领旨离京。启程前，铁飞花求助于江湖朋友“老迷糊”，请“老迷糊”协助调查此案。 “老迷糊”久混江湖，知道寻花会背景深厚