《屠杀器官》的舞台将设定在赛拉耶佛核爆后的地球，此时部分落后国家爆发了一连串内战及民族冲突，在这血腥风暴之中，美国特殊情报部队「克拉维斯（クラヴィス）」发现了在阴影之下有一名叫「约翰?保罗（ジョン?ポール）」的美国人参与其中，约翰路过之处必定掀起腥风血雨，这让众人疯狂的 「屠杀器官」到底是什么？

　　永远的“6时59分”开始了——　　在佑河家有着代代相传的止界术使用止界术，能够进入森罗万象尽数停止的“止界”。某天，主人公树里的外甥和哥哥，被诱拐犯绑架了。她为了救出他们而不得已使用了“止界术”，却遭到不应存在于那里的、除自己以外的“会动的”人类袭击。他们是尊崇止界术的“真纯实爱会”。围绕着使用

　　作品主要围绕犀川研究室成员之一的犀川创平，以及犀川的恩师的女儿西之园萌绘两人展开，虽然萌绘并不是犀川研究室的成员，但参与了该研究室此次的研讨旅行，地点定在了妃真加岛。随后，在萌绘的提议下，犀川和萌绘前去拜访了座落在这座岛上的真贺田研究所，然而他们在那里的密室中发现了一具尸体。以此为契机，之后又连

　　古色古香的京都，奇妙的恋爱之旅正在展开。春天，黑发少女踏上寻找伪电气白兰地的夜之旅，学长却被从天而降的锦鲤砸晕；夏天，少女在旧书市寻找心爱的童年绘本，学长则面临残酷的火锅地狱；秋天，身背红鲤鱼的少女化身不倒翁公主，与拼死出演顽固王的学长相遇在学园祭的舞台；冬天，手持梦幻感冒药的少女打倒感冒之神，

　　9岁的人类少年莲（宫崎葵 配音）痛失母亲，他拒绝亲戚的照顾，独自跑上熙攘的大街，偏巧遇到了偶然来人间寻找弟子的怪物熊彻（役所广司 配音）。怪物界的宗师（津川雅彦 配音）即将转生为神，接任他位置的人选将在猪王山（山路和弘 配音）和熊彻之间产生，但是没有嫡传弟子让熊彻希望渺茫。借此机缘，莲闯入了怪物

　　《屠杀器官》的舞台将设定在赛拉耶佛核爆后的地球，此时部分落后国家爆发了一连串内战及民族冲突，在这血腥风暴之中，美国特殊情报部队「克拉维斯（クラヴィス）」发现了在阴影之下有一名叫「约翰?保罗（ジョン?ポール）」的美国人参与其中，约翰路过之处必定掀起腥风血雨，这让众人疯狂的 「屠杀器官」到底是什么？

　　1983年的平安雨夜，福岛御仓市议员一家遭人杀害，12岁的次女成为唯一幸存者。遇害长女的男友被以凶手身份逮捕，获释后销声匿迹。　　15年后的东京，在兰园工作的大庭实那子（中山美穗 饰）与男友滨崎辉一郎（仲村徹 饰）婚期将近。对童年仅存模糊记忆的她一直认为家人是在车祸中丧生。乔迁新居前，实那子整理

　　人类居住的“物质界”和恶魔居住的“虚无界”本来是互不干涉的两个次元，但是因为恶魔出于对物质的凭依，对物质界有了干涉。于是人类之中便有了驱除恶魔的“驱魔师”存在。　　魔神（撒旦）的孩子奥村燐，隐藏了自己的出身，决意成为驱魔师，前往正十字学园内部存在的驱魔师培训机构·驱魔补习班学习。在地之王袭击的时

　　夏古鲁亚，一个自出生以来就有阴阳眼这种能力的小孩，却因为所处的世界对阴阳眼的错误认知，一家受到了村民们的迫害。比较走运的就被教会用钱买来当圣兵作战，甚至获得民众们称之为“消灾解厄”者，而把人类的性命当作玩具玩弄的阴阳眼，就沦为“尸神”。就在一次作战当中，尸神竟然将自己的灵魂跟夏古鲁亚互换，但也失

　　人人都有不愿对他人露出的一面。　　这是一个情报战的年代，全球各国都全力参与其中，表面上却不动声色。　　东国和西国已陷入冷战长达十多年。“黄昏”是一名顶尖间谍，隶属西国专门对付东国的情报局 WISE。他奉命执行一项秘密任务：追踪东国国家统一党党魁唐纳文‧戴斯蒙德的一举一动。这名危险人物为东西两国间