因为一块布丁，野原新之助（矢岛晶子 配音）和妹妹向日葵（こおろぎさとみ 配音）激烈争吵，身为哥哥他自然受到爸爸广志（藤原啓治 配音）和妈妈美伢（ならはしみき 配音）的训斥。小新恼羞成怒，扬言“不要当哥哥！不要妹妹了！”就在此刻，一胖一瘦两个绿衣人出现，声称愿意将小葵收养，以向日葵公主的身份展开新的生

数千年后的未来，进入宇宙空间的人类，被分为银河帝国与自由行星同盟这两个拥有“专制政治”与“民主主义”两种不同政治体制的国家。两国之间的抗争持续了150年，以无边无际的广袤银河为舞台，重复着无止境的战斗。银河帝国的门阀贵族社会的腐败，以及在自由行星同盟中被称为“民主主义的弊端”的群愚政治正侵蚀着两个国

人类企图修改植物的遗传因子，以此达到控制植物的目的，而计划失败，树木则渐渐产生了思想，开始了无节制的生长，使得地球遭到了毁灭性的破坏。时间荏苒，在遭到树木袭击后，残留下的人类为求生存选择了和森林和平相处。直至一天，阿基德（胜地凉 配音）与好友凯因（滨口优 配音）偷偷溜进了禁忌之泉取水，在那里，阿基德

遥远的未来，地球一度变成冰冻星球。幸存的人类移民外太空，建立了繁荣的殖民星球阿瓦隆，并与外星人成立人类银河联盟。与此同时，名为希迪尔斯的异形肆虐繁殖，与联盟展开旷日持久的战争。在一次针对希迪尔斯母星的战役中，年仅16岁的少尉雷德（石川界人 配音）所在部队遭遇猛烈抵抗。撤退途中，雷德不慎被卷入时空裂缝

本作主人公冈部伦太郎（宫野真守 配音）是个患有严重中二病的大学生，自称为“凤凰院凶真”的他和伙伴们组成了“未来发明研究所”，在位于秋叶原的一个简陋实验室内进行各种古怪发明和调查。　　2010年7月28日这天，冈部和青梅竹马真由理（花泽香菜 配音）一同去了科学讲义会场，在那里，他们遇见了天才少女牧濑红

某一日机缘巧合之下，普通的中学生一桥友里惠（峰香织 配音）居然成为了法力高强的神！友里惠在第一时间将这一好消息告诉了好友四条光惠（峰香织 配音）和三枝祀（森永理科 配音），没想到自己的兴高采烈换来的却是朋友的冷漠相对，气愤的友里惠和朋友们打赌，要用神迹来证实她的身份。台风的来袭证明了友里惠的话，也给

小学生友永勇太和警视厅为了对抗高科技犯罪而知道的AI机器人デッカード成为了好朋友，并以此为契机成为了少年警察官，领导机器警察队“ブレイブポリス”同犯罪做斗争。

边见瑞纪（下田麻美 配音）的爷爷拥有一家古书店并且将它出租给了学者砚周（土田大 配音）。一日，瑞记偶然打开了一本名叫《蜘蛛怪异闻》的古书，没想到，一只娇小可爱的蜘蛛娘（金田朋子 配音）从中掉了出来。蜘蛛娘告诉瑞纪自己曾被一个阴阳师所救抚养长大，后又被封印在书中，而砚周就是那位阴阳师的转世。砚周很同情

因为一块布丁，野原新之助（矢岛晶子 配音）和妹妹向日葵（こおろぎさとみ 配音）激烈争吵，身为哥哥他自然受到爸爸广志（藤原啓治 配音）和妈妈美伢（ならはしみき 配音）的训斥。小新恼羞成怒，扬言“不要当哥哥！不要妹妹了！”就在此刻，一胖一瘦两个绿衣人出现，声称愿意将小葵收养，以向日葵公主的身份展开新的生

成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。