美星小月菲洛三位魔法少女历经环境与人事变迁后各自走上截然不同的职业道路这时由王子所建立的星阁正好面临着重组王国王庭的局面却不料重组过程中各方势力纷纷展开波诡云谲的斗争美星小月菲洛在家族与权威力量的影响下被卷入这场角逐不得不为各自家族的利益而明争暗斗最终她们在无止境的斗争中寻回真挚的初心她们真正想做的

菲洛是瑞拉王国大将军格雷的女儿，收到大将军寄来的日记后，得知自己意外获得了神秘的魔卡精灵，并被卷入一场离奇魔法案件。因此不得不和美星、小月一起从星学院退学，踏上逃亡之路。在瑞拉王子的帮助下，女孩们进入名为“潘朵拉”的精灵调查组织，正式成为极光组组员，开始找寻隐藏在魔卡精灵背后的真相。

《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消