中途岛战役失利直接宣布了日军在太平洋战场上的失败，负隅顽抗的日军依然坚守日本最南端的小岛—硫磺岛。这个看似不起眼的小岛，却上演了二战太平洋上最惨烈的战争。

正在调查坠落在太平洋上的不明飞行物体的海上自卫队二尉有动贵文（大澄贤也），遇到了突然出现的蓝光，受发光体的影响，导致遗传因子标准的变质，变成了凶恶的怪兽THE ONE。之后，他（THE ONE）从防卫厅内的特殊机关BCST（对生物工程学的研究机关）的监视下逃走，从此就没了音训。　　另一方面，航空自卫