持续在世界各地进行修业之旅的小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）和小光（豊口めぐみ 配音），历经长途跋涉终于来到了位于山谷丘陵处的目的地阿拉莫斯镇。小镇上耸立着象征时间与空间的时光之塔，新一轮的神奇宝贝竞赛将在塔的下方举行。小智一行走错了路，却由此结识当地的美丽女孩艾丽丝（加藤ローサ

吾郎想在圣秀建立一个棒球社打败海堂，但是圣秀高中从几年才从女校改成男女合校，所以学校男生人数根本不到十个，在吾郎好说歹说下，大家终於愿意加入棒球社，在吾郎的爸爸茂野的训练下，打算在3年级时参加比赛，但在一次因缘际会下，球队监督连络到了海堂的2军，於是他们之间开始了一场练习赛，江头在比赛中故意指使一个

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ガイナックスによる人気ロボットアニメの劇場版「天元突破グレンラガン／紅蓮篇」に続く第2弾。大グレン団は螺旋族王四天王を撃破し、王都テッペリンにて螺旋王ロージェノムとの壮絶な一騎打ちを制したシモン。王都攻略後、瞬く間に文明を構築した人類だったが、宇宙にまでその手を伸ばしたとき、正体不明の敵が現れる……