公元199X年，人类世界的最高首领因一己私欲发动战争，甚至愚蠢地按下毁灭世界的按钮。世界遭受核武器洗礼，山崩地裂，海水枯竭。部分人类虽侥幸存活，然地球上资源短缺，使得血腥纷争仍在继续。　　世间传说“有北斗出现的地方，必现乱事”。身上有七处伤疤、北斗密宗神拳继承者健四郎孤独行走在干涸的大地上，寻找心爱

E.U.联盟和布里塔利亚帝国的战争仍未迎来终结的时刻，而此时双方内部则悄然发生这足以引起严重连锁反应的巨变。张扬跋扈、不可一世的朱利叶斯•金斯利（福山润 配音）在枢木朱雀（樱井孝宏 配音）的陪同下取得了前线指挥权，凌驾于布列塔尼亚帝国所有权贵重臣之上。在纷纷扰扰的权力斗争中，圣米迦勒骑士团的团长信•

革命历228年，冬。从属于E.U.联盟联军的W Zero部队中尉阿基德（入野自由 配音）迎来了与哥哥——布里塔利亚帝国圣米迦勒骑士团的团长信•修加•夏音度（松风雅也 配音）的决斗。成濑幸也（松冈祯丞 配音）制造的炸弹虽然摧毁了帝国13的战斗力，但是他们仍然面对着为数众多的对手。敌我差距悬殊，获胜希望