一串悲凉的歌声诉说着蜘蛛城的历史预言战国时期，处于密林围抱的蜘蛛城，地形复杂，敌军攻来此地，必然迷路，因此城主稳坐城楼，指挥若定，四面排出大将御敌，可保此城固若金汤。大将鹫津武时（三船敏郎ToshiroMifune饰）和副将三木因为平叛得力，准备回城领赏。途中，二人阴错阳差走入了密林深处，偶遇一白发

小智一行人在大树下打盹时，顽皮的波克比却没有和大伙一起入睡而跑出去玩耍，为了寻找走失的波克比，皮卡丘和所有的宝可梦们一起来到一个巨大的树林丛中，在里面遇见了电击怪，还认识了一大堆的新朋友，就在大家玩得很快乐的时候，突如其来的暴风雨，却让大伙陷入困境，宝可梦们要如何度过呢？

小月的母亲生病住院了，父亲带着她与四岁的妹妹小梅到乡间的居住。她们对那里的环境都感到十分新奇，也发现了很多有趣的事情。她们遇到了很多小精灵，她们来到属于她们的环境中，看到了她们世界中很多的奇怪事物，更与一只大大胖胖的龙猫成为了朋友。龙猫与小精灵们利用他们的神奇力量，为小月与妹妹带来了很多神奇的景观，