遥远的未来，人类离开不堪负荷的地球，在新的星系延续了文明，那些星系中心的星球组成联盟，不断尝试将偏远的蛮荒星球纳入势力范围。少女瑞娃（SummerGlau饰）在联盟的这一政策下被改造成为感觉敏锐、身手矫健的战斗机器。瑞娃之兄西蒙将其救出，带到了前抵抗组织成员——马尔（NathanFillion饰）的

遥远的未来，人类离开不堪负荷的地球，在新的星系延续了文明，那些星系中心的星球组成联盟，不断尝试将偏远的蛮荒星球纳入势力范围。少女瑞娃在联盟的这一政策下被改造成为感觉敏锐、身手矫健的战斗机器。瑞娃之兄西蒙将其救出，带到了前抵抗组织成员——马尔的运输飞船——“宁静号”上。另一方面，联盟议会为防止瑞娃可能

故事延续上一集的剧情，机械大军正在集中全力准备入侵隐藏在地底的人类最后都市锡安，另一方面，锡安的人民相信莫斐斯找到的这个救世主尼欧将会应验祭师的预言，终止人类与机器之间的战争，但是却没有人知道，这位救世主正被他自己的梦境所苦恼。母体发现人类最后的堡垒城市锡安原来藏在接近地球核心的深处，而人类只剩七十