故事延续上一集的剧情，机械大军正在集中全力准备入侵隐藏在地底的人类最后都市锡安，另一方面，锡安的人民相信莫斐斯找到的这个救世主尼欧将会应验祭师的预言，终止人类与机器之间的战争，但是却没有人知道，这位救世主正被他自己的梦境所苦恼。母体发现人类最后的堡垒城市锡安原来藏在接近地球核心的深处，而人类只剩七十